Po celou staropolskou dobu byl Stary Sącz městem soukromým, a k tomu církevním. Jeho paní byla abatyše klarisek a právním titulem této vlády zůstávala Kingina listina z roku 1280. Biegonice patřily klášteru beze změny až do 18. století a fojtství, kdysi prodané, se vrátilo do rukou řeholnic. Jak rozsáhlé toto panství bylo, ukázal teprve císařský dekret z roku 1781: vyjmenovává se v něm město a padesát čtyři vsi.
Město v rukou abatyše
Král, ač zde nebyl pánem, rád vystupoval jako dobrodinec. Roku 1505 jednala ve Starém Sączi královská komise s abatyší Annou Rokitnickou. Roku 1508 ukončil Zikmund I. Starý konečně dlouhý spor o grybówské clo a roku 1528 udělil klariskám dva výroční jarmarky. Štěpán Báthory je potvrdil roku 1582, ovšem s jednou výhradou: výnos měl jít na opevnění. Magdeburské právo potvrzovali další panovníci, mezi nimi Jindřich z Valois a Štěpán Báthory.
Také roku 1582 se poprvé připomíná radnice. Poslední z nich, zděná a patrová, s věží, arkádami a krámy, stanula roku 1750. Dlouho nevydržela, ale to už je příběh další kapitoly.
Řemeslo žilo pod dohledem abatyše a právě ona schvalovala cechovní stanovy: tkalců roku 1558, ševců roku 1590 (za abatyše Zofie Różanówny), řezníků roku 1630, krejčích roku 1631. Stanovy společného cechu schválila 16. prosince 1638 abatyše Anna Lipska. Rejstříky z let 1581, 1629 a 1655 uvádějí ševce, tkalce, pekaře, rybáře, řezníky, kováře, krejčí, kožešníky a hrnčíře – celé městečko u svých dílen. Inventář z roku 1698 napočítal šedesát čtyři dílny. O čtrnáct let později, v rejstříku z roku 1712, zbyli už jen dva ševci. Z městečka bohatého na řemesla tehdy zůstalo jen málo.
Pečovalo se také o chudé a o vzdělání. Roku 1551 založil Mikołaj Hipolit špitální proboštství sv. Kříže a roku 1608 udržovala městská rada jako patronka farní školu, do níž chodilo kolem čtyřiceti žáků. Ke konci století, v inventáři z roku 1696, se napočítalo 271 nemovitostí, přes tisíc pět set měšťanů a kolem dvou tisíc obyvatel. Nejstarší soupis domů na rynku, z roku 1699, zahrnuje dvacet šest parcel.
Ze dřeva do kamene: proměna kláštera
Klášter klarisek vstoupil do nových staletí jako stavba z velké části dřevěná. Změna přicházela postupně. Bula papeže Pia V. z roku 1566 osvobodila sestry od závislosti na františkánských provinciálech. Roku 1598 nařídil kardinál Jerzy Radziwiłł zvýšit zdi a prorazit v nich střílny. Práce skončily před rokem 1632, neboť toto datum nese sgrafito na zdi.
Roku 1601 přikázal biskup Bernard Maciejowski postavit klášter zděný. Mistr Jan di Simoni přestavěl v letech 1601–1604 čtyři křídla a roku 1605 kněžský dům. Účty zachovaly náklady z roku 1603, 2127 zlatých a 26 grošů, a smlouvu na východní křídlo ze 14. března 1604. Na klášterní statky se uzavíraly také nájemní smlouvy, mimo jiné 25. června 1606 se Sebastianem Lubomirským.
Interiéry se zaplňovaly s každým desetiletím. Wawrzyniec Cieszyński namaloval nástěnné malby (1617), Andrzej ze Lvova postavil varhany (1618) a Baltazar Kurcz oltář (1619). Klenby z let 1647–1649 dala zbudovat Anna Lipska. Zděný Kingin oltář stanul roku 1661, loretánská kaple kolem roku 1664. Roku 1671 vznikla kazatelna „Strom Jesse“ a na konci století, v letech 1696–1699, zhotovila dílna Baltazara Fontany tři mramorové oltáře.
Zněla tu i hudba. V březnu 1691 založila abatyše Konstancja Jordanówna klášterní kapelu, která poprvé veřejně zahrála roku 1697.
Oheň, vojsko a potopa
Stary Sącz nikdy neměl městské hradby. Bránil ho terén, ploty a opevněný klášter, před ohněm však nebránilo nic. Požár roku 1644 strávil farní kostel, kostel sv. Rocha a dřevěný klášter františkánů. Fara se obnovovala asi pět let a její věž postavil roku 1686 Paweł Beber.
Švédská potopa let 1655–1657 zpustošila klášterní statky. Švédové vstoupili do Nowého Sącze v říjnu 1655 a 13. prosince je odtamtud vytlačili. Větším břemenem než cizí nájezdník však byly průtahy vlastních vojsk, která se ubytovala, rekvírovala a zase odtáhla. Škody byly vyčísleny: 29 822 polských zlatých v letech 1649–1650, 76 155 zlatých v letech 1693–1702 a kolem 700 000 zlatých za barské konfederace.
Oheň se vracel. Požár roku 1746 měl „katastrofální následky“ a 7. října 1764 zachvátily plameny střechu kostela klarisek, Kinginu kapli, Loretu a zvonici. Do roku 1766 dostal kostel novou měděnou střechu a korunu, dílo Placidiho.
Kingina cesta na oltář
O povýšení Kingy na oltář usilovaly celé generace. Urban VIII. vydal v této věci dekrety 13. března 1625 a 5. července 1634. Komise biskupa Szyszkowského, činná od 27. května 1628, vyslechla osmdesát dva svědků a nový proces, zahájený 8. června 1629, osmdesát čtyři. K rozhodnutí však nedošlo.
Pomohl teprve král. Na prosbu Jana III. Sobieského zahájila komise biskupa Mikołaje Oborského 1. března 1684 proces o kultu od nepaměti. 23. března 1685 bylo vyhlášeno stanovisko a 13. ledna 1687 bylo dokončeno opisování akt.
Papež Alexandr VIII. prohlásil Kingu za blahoslavenou 11. června 1690. Týdenní slavnosti ve Starém Sączi a v Krakově začaly 24. července 1691, ve výroční den její smrti. Roku 1715 ji dekret uznal za patronku Polska a Litvy. Kanonizační proces byl zahájen 13. července 1741 a roku 1749 byla akta odvezena do Říma. Tam věc uvízla na více než dvě staletí.
Konec Republiky
Poslední léta starého Polska přišla se zbraní v ruce. Barská konfederace vznikla nedaleko, v Piwniczné, a 30. června 1768 se Marcin Leszczyński stal rytmistrem sądeckého a czchówského okresu. Konfederáti klášter nešetřili: roku 1769 odvedla Bierzyńského divize z klášterních stájí osm koní.
Skutečný konec však přišel z jihu. V létě 1770 obsadilo Rakousko pod záminkou sanitárního kordonu, tedy ochrany před nákazou, jižní Malopolsko i se Starým Sączem. 2. srpna 1770 byly hraniční sloupy posunuty až k Mogilné. V září 1772, po prvním dělení, se Sącz stal součástí rakouské Haliče. Skončila doba abatyší a Republiky a začala doba císařských úředníků.