Przez cały okres staropolski Stary Sącz był miastem prywatnym, i to duchownym. Panią na nim była ksieni klarysek, a tytułem do tej władzy pozostawał akt Kingi z roku 1280. Biegonice należały do klasztoru niezmiennie aż do XVIII w., a wójtostwo, niegdyś sprzedane, wróciło w ręce zakonnic. Jak wielkie było to władztwo, pokazał dopiero cesarski dekret z 1781 r.: wyliczono w nim miasto i pięćdziesiąt cztery wsie.
Miasto w rękach ksieni
Król, choć nie był tu panem, chętnie występował jako dobrodziej. W 1505 r. komisja królewska obradowała w Starym Sączu z ksienią Anną Rokitnicką. W 1508 r. Zygmunt Stary zakończył wreszcie długi spór o cło grybowskie, a w 1528 r. nadał klaryskom dwa jarmarki do roku. Stefan Batory potwierdził je w 1582 r., ale z jednym zastrzeżeniem: dochód miał iść na obwarowania. Prawo magdeburskie potwierdzali kolejni władcy, w tym Henryk Walezy i Stefan Batory.
Też w roku 1582 po raz pierwszy wspomniano ratusz. Ostatni z nich, murowany i piętrowy, z wieżą, arkadami i kramami, stanął w 1750 r. Nie postał długo, ale to już opowieść następnego rozdziału.
Rzemiosło żyło pod okiem ksieni, a to ona zatwierdzała statuty cechów: tkaczy w 1558 r., szewców w 1590 r. (za ksieni Zofii Różanówny), rzeźników w 1630 r., krawców w 1631 r. Statut cechu zbiorowego zatwierdziła 16 grudnia 1638 r. ksieni Anna Lipska. Rejestry z lat 1581, 1629 i 1655 wymieniają szewców, tkaczy, piekarzy, rybaków, rzeźników, kowali, krawców, kuśnierzy i garncarzy, czyli całe miasteczko przy warsztatach. Inwentarz z 1698 r. liczy sześćdziesiąt cztery warsztaty. Czternaście lat później, w rejestrze z 1712 r., zostało już tylko dwóch szewców. Z bogatego w rzemiosło miasteczka niewiele wtedy zostało.
Dbano też o ubogich i o naukę. W 1551 r. Mikołaj Hipolit ufundował prepozyturę szpitalną św. Krzyża, a w 1608 r. rada miejska jako kolatorka utrzymywała szkołę parafialną, do której chodziło około czterdziestu uczniów. Pod koniec stulecia, w inwentarzu z 1696 r., naliczono 271 nieruchomości, ponad tysiąc pięćset mieszczan i około dwóch tysięcy mieszkańców. Najstarszy spis domów przy rynku, z 1699 r., obejmuje dwadzieścia sześć działek.
Z drewna w mur: przemiana klasztoru
Klasztor klarysek wszedł w nowe stulecia jako budowla w dużej części drewniana. Zmiana przyszła stopniowo. Bulla papieża Piusa V z 1566 r. uwolniła siostry od zależności od franciszkańskich prowincjałów. W 1598 r. kardynał Jerzy Radziwiłł polecił podwyższyć mury i przebić w nich strzelnice. Prace skończono przed 1632 r., bo tę datę nosi sgraffito na murze.
W 1601 r. biskup Bernard Maciejowski nakazał wznieść klasztor murowany. Mistrz Jan di Simoni przebudował cztery skrzydła w latach 1601–1604, a w 1605 r. dom księży. Rachunki zachowały koszt z 1603 r., 2127 złotych i 26 groszy, oraz kontrakt na skrzydło wschodnie z 14 marca 1604 r. Na dobra klasztorne zawierano też umowy dzierżawne, m.in. 25 czerwca 1606 r. z Sebastianem Lubomirskim.
Wnętrza zapełniały się z każdym dziesięcioleciem. Wawrzyniec Cieszyński wymalował polichromię (1617), Andrzej ze Lwowa zbudował organy (1618), a Baltazar Kurcz ołtarz (1619). Sklepienia z lat 1647–1649 ufundowała Anna Lipska. Murowany ołtarz Kingi stanął w 1661 r., kaplica loretańska około 1664 r. W 1671 r. wzniesiono ambonę „Drzewo Jessego”, a na koniec wieku, w latach 1696–1699, warsztat Baltazara Fontany wykonał trzy marmurowe ołtarze.
Rozbrzmiewała tu również muzyka. W marcu 1691 r. ksieni Konstancja Jordanówna założyła kapelę klasztorną, która pierwszy raz zagrała publicznie w 1697 r.
Ogień, wojsko i potop
Stary Sącz nigdy nie miał murów miejskich. Bronił go teren, parkany i warowny klasztor, a przed ogniem nie broniło nic. Pożar z 1644 r. strawił kościół parafialny, kościół św. Rocha i drewniany klasztor franciszkanów. Farę odbudowywano przez około pięć lat, a jej wieżę wzniósł w 1686 r. Paweł Beber.
Szwedzki potop z lat 1655–1657 spustoszył dobra klasztorne. Szwedzi weszli do Nowego Sącza w październiku 1655 r., a 13 grudnia ich stamtąd wyparto. Większym jednak ciężarem niż obcy najeźdźca były przemarsze wojsk własnych, które kwaterowały, rekwirowały i odchodziły. Straty wyliczono: 29 822 złote polskie w latach 1649–1650, 76 155 złp w latach 1693–1702 i około 700 000 złp w czasie konfederacji barskiej.
Ogień wracał. Pożar z 1746 r. miał „katastrofalne skutki”, a 7 października 1764 r. płomienie objęły dach kościoła klarysek, kaplicę Kingi, Loret i dzwonnicę. Do 1766 r. kościół dostał nowy, miedziany dach i koronę dzieła Placidiego.
Droga Kingi na ołtarze
O wyniesienie Kingi na ołtarze starały się całe pokolenia. Urban VIII wydał w tej sprawie dekrety 13 marca 1625 i 5 lipca 1634 r. Komisja biskupa Szyszkowskiego, działająca od 27 maja 1628 r., przesłuchała osiemdziesięciu dwóch świadków, a nowy proces, otwarty 8 czerwca 1629 r., osiemdziesięciu czterech. Rozstrzygnięcia jednak nie było.
Pomógł dopiero król. Na prośbę Jana III Sobieskiego komisja biskupa Mikołaja Oborskiego rozpoczęła 1 marca 1684 r. proces o kult niepamiętny. 23 marca 1685 r. ogłoszono opinię, a 13 stycznia 1687 r. ukończono kopiowanie akt.
Papież Aleksander VIII ogłosił Kingę błogosławioną 11 czerwca 1690 r. Tygodniowe uroczystości w Starym Sączu i w Krakowie zaczęły się 24 lipca 1691 r., w rocznicę jej śmierci. W 1715 r. dekret uznał ją za patronkę Polski i Litwy. Proces kanonizacyjny otwarto 13 lipca 1741 r., a w 1749 r. akta zawieziono do Rzymu. Tam sprawa utknęła na ponad dwa stulecia.
Kres Rzeczypospolitej
Ostatnie lata dawnej Polski przyszły z bronią w ręku. Konfederacja barska zawiązała się w okolicy, w Piwnicznej, a 30 czerwca 1768 r. Marcin Leszczyński został rotmistrzem powiatów sądeckiego i czchowskiego. Konfederaci nie oszczędzali klasztoru: w 1769 r. dywizja Bierzyńskiego wyprowadziła z klasztornych stajni osiem koni.
Prawdziwy koniec przyszedł jednak z południa. Latem 1770 r. Austria pod pozorem kordonu sanitarnego, czyli ochrony przed zarazą, zajęła południową Małopolskę razem ze Starym Sączem. 2 sierpnia 1770 r. słupy graniczne przesunięto aż do Mogilnej. We wrześniu 1772 r., po pierwszym rozbiorze, Sącz wszedł do austriackiej Galicji. Skończyła się epoka ksieni i Rzeczypospolitej, a zaczęła się epoka cesarskich urzędników.
Na dawnych i nowych zdjęciach
